在回到德意志后，腓特烈二世与莱茵兰的贝尔塔结婚, 她是奥托四世的异母兄长，莱茵兰公爵海因里希的女儿，一年前刚刚成为寡妇。这段婚姻在政治上有助于腓特烈二世与韦尔夫家族缓和关系，私人角度, 他们也能称得上幸福，腓特烈二世在第一段婚姻中还算忠诚，至少没有任何私生子的记录, 他们在结婚的第二年就生下了长子亨利, 以父母的父亲命名。
但在结婚第三年, 贝尔塔皇后便因病去世, 对她在第一段婚姻中带来的孩子，腓特烈二世也视若己出, 这令他即便是在联姻关系终结后也和韦尔夫家族保持着相对缓和的关系。在第一任妻子去世后, 他开始变得放浪, 他有很多情人, 她们给他生下十余个私生子女, 他对他的私生子们也做到了父亲应尽的义务, 关心他们的生活、教育和婚姻，并为他们安排领地和职务, 但他婚生长子的地位仍不可动摇，他起初将亨利交由科隆大主教监护, 等他再次结婚后, 他又将亨利交给了他的继母。
文学故事和影视作品中, 腓特烈二世和埃莉诺王后常常被描绘成一对被无辜分离的恋人, 但事实上，即便他们青年时曾经有过爱情，在他们真正结婚后，爱情也烟消云散，生下腓特烈二世的第二个婚生子凯撒·霍亨斯陶芬后，二人便长期分居，腓特烈二世也很少过问他长子的教育，这令他没有及早意识到他妻子和儿子（以及他妻子和前夫的儿子）已经结成了对抗他的同盟，对他们之间萌生出的超越母子界限的情愫也浑然不知。
在凯撒·霍亨斯陶芬出生前，腓特烈二世的家庭保持着微妙的平衡，所有人都默认他的长子亨利会继承德意志的王位和神圣罗马帝国的皇冠，他的私生子们则将各司其职襄助兄长，但在塞萨尔一世去世、凯撒·霍亨斯陶芬回到父亲身边后，平衡被打破了，腓特烈二世异常宠爱这个没有在他身边长大的幼子，从腓特烈二世的描述中，凯撒的外貌和他的舅舅理查、外祖塞萨尔一世非常相似，而他本身的血统也比他的兄弟们更加高贵，腓特烈二世的近臣们开始怀疑在次子错失奥古斯都之位后，他的父亲有意将凯撒之位连同他名下的所有领地都交付与他。
对此反应最激烈的是腓特烈二世的私生子曼弗雷德，此前他一直自认为是父亲最疼爱的孩子，但异母兄弟的到来改变了他的境遇，他描述凯撒是一个“只知道骑马、打猎和傻笑的蠢货”，父亲则是一个“跟着儿子一起傻笑的老头”，而这一矛盾被他的长兄察觉并利用，1248年，他发动了叛乱，而他的私生子弟弟们有五个都同他一起反抗父亲。
这场叛乱很容易令人想起多年前金雀花家族的“无爱之战”，而结果也如出一辙，腓特烈二世以雷霆之势平定了叛乱，但他并没有立刻宽恕自己的儿子们。他认为长子的忤逆有妻子的指使，他因此来到西西里，埃莉诺王后对此供认不讳，“我做出了和我曾祖母一样的选择，你也可以做出和我曾祖父一样的”。
腓特烈二世并没有沿用亨利二世的策略，他宽恕了妻子，却囚禁了他的儿子们，他开始筹谋让他疼爱的幼子继承皇位，但由于他在1250年去世，他的意图最终没有达成。遗嘱中，他将自己在德意志的领地留给了长子亨利，将西西里王国留给了次子凯撒，但当凯撒哀悼完父亲，打算加冕为西西里国王时，他却得知他的母亲和兄长已经将他的异父兄长威廉·欧特维尔扶持为西西里国王。
尽管没有血缘关系，但亨利八世和威廉二世从小一起长大，感情异常深厚，幼时被外祖父监护、少年时又深受父亲宠爱的凯撒第一次意识到世界的残酷，他来到西西里的宫廷，充满愤怒地质问母亲：“我渴望你的爱。”他控诉道，“我给你写信，给你送礼物，在父亲面前为你求情，可你爱你没有血缘关系的儿子都超过爱我！”
“如果我选择爱你，那谁来爱我死去的第一个丈夫呢？”他的母亲回答，“你是为了东方的罗马帝国的稳定才诞生的，如果你的表兄夭折，或者你外祖父过早去世，你可以做奥古斯都，但事实是你的外祖父活得足够久，西蒙也活得足够久，既然不需要你继承东方的皇冠，那你将一无所有。”她始终拒绝和次子见面。
二十岁的凯撒·霍亨斯
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